L’inizio della sua costruzione risale al secolo XVI e il suo completamento alla metà del XVIII. L’edificio è opera dei più grandi artisti dell’epoca, che furono incaricati del progetto nel corso dei secoli: Jacopo Sansovino, Antonio da Sangallo il giovane, Giacomo della Porta, Carlo Maderno, Piero da Cortona, Francesco Borromini e, infine, Alessandro Galilei.
La chiesa è sede dell’Archivio Storico dell’Arciconfraternita dei Fiorentini e del Museo che raccoglie le opere di pregio, patrimonio della basilica, con l’intento di documentare l’evoluzione artistica rinascimentale e barocca di Roma.
Il Museo è stato inaugurato nel 2001, dopo necessari lavori di restauro che ne adeguassero la struttura antica alle esigenze museali, nel rispetto della storia e dell’estetica del luogo. In esposizione si possono ammirare quarantotto opere, mentre venti sono conservate in magazzino. Tra le altre si citano la statua marmorea di San Giovanni Battista di Michelangelo Buonarroti, busti marmorei opere di Gian Lorenzo Bernini e il crocifisso bronzeo di Antonio Raggi.
L’attività del museo prevede, inoltre, l’organizzazione e la promozione di eventi culturali, quali concerti, mostre temporanee, conferenze, e si occupa di individuare e raccogliere le opere disperse un tempo parte della collezione.